De fengslet ham fordi de mente han var kjetter. Men kongen sørget for at han ble løslatt. Striden fortsatte i årevis. Frans 1., som vaklet mellom romerkirken og reformasjonen, skiftet mellom å tolerere og motarbeide munkenes voldsomme iver. Tre ganger ble Berquin fengslet på initiativ av de pavelige myndigheter, men hver gang sørget kongen for å sette ham fri. Han beundret hans begavelse og rettskaffenhet og nektet å la ham bli offer for geistlighetens ondskap.