Også i Sveits kom det mørke dager for reformasjonen. Mange kantoner tok imot den reformerte tro, mens andre holdt blindt og ubøyelig på romerkirkens lære. Forfølgelsen av dem som ville ta imot sannheten, resulterte i borgerkrig. Zwingli og mange som hadde sluttet seg til ham, falt på den blodige slagmarken ved Kapel. Disse store ulykkene gikk hardt inn på Oecolampadius, og han døde kort tid etter.