Lenge hadde Farel ønsket å plante protestantismens fane i Genève. Om han vant denne byen, ville den bli midtpunktet for reformasjonen i Frankrike, Sveits og Italia. Med dette i tanke fortsatte han arbeidet og vant etter hvert mange av byene og landsbyene i nærheten. Sammen med en venn drog han deretter til Genève, men han fikk bare holde to prekener der. Forgjeves hadde prestene forsøkt å få myndighetene til å forvise ham. Nå stevnet de ham for et geistlig råd, dit de kom med våpen under prestekjolen, fast bestemt på å ta ham av dage. Utenfor hadde det samlet seg en rasende folkemengde med køller og sverd, parat til å gripe ham om han skulle prøve å flykte. Men han ble reddet fordi øvrighetspersoner og væpnet politi var til stede. Tidlig neste morgen ble han og vennen hans ført over sjøen til et trygt sted. Slik endte hans første forsøk på å forkynne evangeliet i Genève.