For at de skulle få større makt, ble det bestemt at inkvisisjonen skulle gjenopprettes. Tross den alminnelige avsky for denne fryktelige domstolen, endog i katolske land, ble den igjen innført av de katolske herskere. Grusomheter som var altfor uhyggelige til å tåle dagens lys, ble begått i hemmelige fengsler. I mange land ble tusenvis av de beste borgere, de fineste og edleste, de mest begavede og skolerte, drept eller tvunget i landflyktighet. Det var fromme og gud hengivne prester, arbeidsomme og patriotiske borgere, fremragende vitenskapsmenn, talentfulle kunstnere og dyktige håndverkere.