Tausen drog til Køln, som også den gangen var en høyborg for katolisismen. Her fikk han snart avsky for skolastikernes mystisisme. På denne tiden kom han i kontakt med Luthers skrifter. Han leste dem med forundring og glede og ønsket inderlig å kunne få følge hans forelesninger. Men da risikerte han å fornærme klosterprioren og miste støtten fra ham. Likevel brukte han ikke lang tid på å bestemme seg, og snart var han immatrikulert ved universitetet i Wittenberg.