Da Knox ble fremstilt for dronning Mary av Skottland, som hadde fått mang en protestantisk leder til å miste motet, gav han et usvikelig vitnesbyrd for sannheten. Han gav ikke etter for smiger og lot seg ikke skremme av trusler. Dronningen anklaget ham for kjetteri. Han hadde lært folk en religion som staten hadde forbudt, og hadde på den måten overtrådt Guds bud som pålegger borgerne å lyde sine fyrster.