Læren om at Gud har gitt kirken rett til å kontrollere samvittigheten og til å definere og straffe kjetteri, er en av romerkirkens villfarelser som har dypest røtter. Selv om reformatorene forkastet den katolske troslære, var det ikke fritt for at de selv var preget av den samme intoleranse. Det tette mørket som pavemakten under sin lange herskertid hadde omgitt hele kristenheten med, var enda ikke helt fjernet. En av de mest fremtredende predikanter i kolonien ved Massachusettsbukten uttalte: «Det var toleranse som gjorde verden kristendomsfiendtlig, og kirken tok aldri skade av å straffe kjettere.»8