Det som Hus kjempet mot, var misbruk av myndigheten, ikke selve prinsippet. Dette førte til en fryktelig konflikt mellom fornuften og samvittigheten. Dersom kirkens autoritet var rettferdig og ufeilbar, som han trodde den var, hvordan kunne det da være at han følte seg tvunget til å sette seg opp mot den? Han innså at det ville være synd å lyde den. Men hvordan kunne lydighet mot en ufeilbar kirke skape slike problemer? Dette var en gåte for ham. Denne tvilen pinte ham hver time på dagen.