Da Hieronymus første gang ble innkalt til kirkemøtet og forsøkte å svare på anklagene, ble han møtt med ropet: «På bålet med ham!»17 Han ble fengslet og lenket på en slik måte at det medførte store lidelser, og han fikk bare brød og vann. Etter noen måneders grusomt fengselsopphold ble han dødssyk. Fiendene, som var redde for at han skulle dø, behandlet ham da mer humant, men lot ham likevel sitte et helt år i fengsel.