Nu var Wittenberg, själva centralpunkten i reformationen, på väg att snabbt gripas av fanatism och laglöshet. Detta fruktansvärda tillstånd orsakades inte av Luthers lära. Hans fiender runt om i Tyskland lade emellertid skulden på honom. I djupaste förtvivlan frågade han ibland: ”Kan detta stora reformationsverk få en sådan avslutning?” (Samma källa, band 9, kap 7). När han då kämpade med Gud i bön strömmade friden åter in i hans sinne. ”Verket är inte mitt utan ditt eget”, sade han. ”Du kommer inte att tillåta att det blir förstört av fanatism och vidskepelse.” Tanken på att han skulle hålla sig borta från striden under en sådan kris blev outhärdlig för honom. Han bestämde sig för att återvända till Wittenberg.