Men efterhand som riskerna ökade blev Berquins iver bara större. I stället för att följa Erasmus politiska och själviska råd bestämde han sig för att våga ännu mer. Han ville inte bara försvara sanningen. Han ville också avslöja villfarelsen. Beskyllningen för kätteri, som katolikerna försökte rikta mot honom, ville han överföra på dem. Hans ivrigaste och bittraste motståndare var de lärda doktorerna och munkarna vid den teologiska fakulteten vid det berömda universitetet i Paris, ett av de mest ansedda, andliga universiteten i staden och i hela Frankrike. Från dessa lärda doktorers skrifter tog han fram tolv påståenden som han offentligt förklarade vara ”obibliska och kätterska” och bad kungen om att vara domare i striden.