Men änskönt hans verksamhet i begynnelsen blef emottagen med stor hänförelse, rönte han dock motstånd efter någon tid. Munkarne företogo sig att hindra hans arbete och fördöma hans trossatser. Många hånade och bespottade honom uppenbart, och andra grepo till hotelser och förnärmelser. Men Zwingli uthärdade allt detta med tålamod, sägande: "Om vi skola varna själar för Kristus, måste vi lära att tillsluta ögonen för många saker, som möta oss på vägen."