Men fastän hans verksamhet till att börja med hälsades med stor hänförelse, fick han ändå senare möta motstånd. Munkarna gjorde sitt bästa för att hindra hans arbete och för att få hans lära bannlyst. Många hånade och förlöjligade honom. Andra grep till hotelser och kränkningar. Men Zwingli bar det hela med tålamod och sade: ”Om vi skall föra de ogudaktiga till Kristus, måste vi lära oss att sluta ögonen för mycket som möter oss på vägen.” (Samma källa, band 8, kap 6).