Det var i en enslig trakt, mitt ibland ofruktbara berg, vilda raviner och klippgrottor, som han fann sitt hem. Han valde att avstå från livets nöjen och lyx för att kunna tillägna sig ökenlivets stränga disciplin. Här var hans omgivning gynnsam för utvecklandet av enkla och självförnekande vanor. Ostörd av världens larm kunde han här studera naturens, uppenbarelsens och försynens lärdomar. De gudfruktiga föräldrarna hade ofta för Johannes upprepat ängelns ord till Sakarias. Redan från barndomen hade man förklarat hans livsuppgift för honom och han hade tagit emot den som ett heligt förtroende. För honom var öknens avskildhet en välkommen tillflykt undan ett samhälle i vilket misstänksamhet, otro och orenhet hade blivit nära nog dominerande. Han litade inte på sin egen förmåga att står emot frestelse, och undvek därför ständigt all kontakt med synden, för att han inte skulle förlora känslan av dess ytterliga syndfullhet.