De svåra själsliga strider som Luther för så länge sedan hade erfarit i Erfurt trängde sig nu åter på honom med dubbel styrka, när han såg att reformationen fick skulden för följderna av denna fanatism. De katolska furstarna förklarade att upproret var den naturliga följden av Luthers lära. Många stod färdiga att ansluta sig till denna förklaring. Även om denna beskyllning var helt utan grund, kunde den inte annat än vålla djup smärta hos reformatorn. Att sanningens sak skulle bli vanhedrad och ställd i klass med den lägsta fanatism föreföll honom vara mer än han kunde tåla. Å andra sidan hyste ledarna för upproret hat mot Luther. Han hade ju inte bara motarbetat deras lära. Han ville inte heller godta deras krav på gudomlig inspiration. Dessutom hade han kallat dem för upprorsmakare mot de borgerliga myndigheterna. I gengäld fördömde de honom som en föraktlig hycklare. Det såg ut som om han hade dragit över sig både furstarnas och folkets fiendskap.