Även om Gaussen var en av de mest framstående och mest uppskattade fransktalande predikanterna, blev han ändå lite senare avsatt från sitt prästämbete. Huvudanklagelsen mot honom var att han använde Bibeln som lärobok för ungdom i stället för kyrkans katekes. Den var en tom och rationalistisk handbok, som nästan inte innehöll något av positiv tro. Senare blev han lärare i en teologisk skola, samtidigt som han på söndagarna fortsatte sin verksamhet för barn och undervisade dem i Bibeln. Hans skrifter om profetiorna väckte också stort intresse. I sin lärargärning, genom pressen och genom sin favoritsyssla som lärare för barn fortsatte han i många år att utöva stort inflytande. På grund av honom började många studera de profetior som visade att Herrens ankomst var nära.