Under förföljelsen i Meaux förlorade de reformerade lärarna tillåtelsen att predika. De begav sig då till andra platser. Lefevre reste till Tyskland. Farel vände tillbaka till sin födelseort i Alperna i östra Frankrike för att sprida ljuset i sin barndoms trakt. Ryktet om det som skedde i Meaux hade redan nått dit. Sanningen fann lyssnare då Farel förkunnade den med mod och iver. Myndigheterna vägrade honom snart att predika. Han förvisades från staden. Då han inte kunde arbeta offentligt, reste han till dalarna och byarna och predikade i husen för människor på avsides liggande platser. Han fann sin tillflykt i skogarna och i bergshålorna som han kände från sin barndom. Gud förberedde honom för större prövningar. ”Kors, förföljelse och Satans snaror som jag blev varnad för saknades inte”, sade han. ”Det var så mycket av detta att jag omöjligen kunde ha burit det i min egen kraft. Men Gud är min Fader. Han har gett mig, och vill alltid ge mig, all den kraft jag behöver.” (D' Aubigné, History of the Reformation in Europe in the Time of Calvin, band 12, kap 9).