Kalvin befann sig alltjämt i Paris. Han förberedde sig för sin framtida verksamhet genom studier, stilla betraktelser och bön. Han fortsatte att sprida ljuset. Men till sist började man misstänka honom. Myndigheterna beslöt att föra honom till bålet. Han kände sig trygg i sin avskildhet och hade ingen tanke på fara, när vänner kom skyndande in i hans rum och meddelade att soldaterna var på väg för att arrestera honom. I samma ögonblick hörde man att de bankade på ytterdörren. Nu fanns ingen tid att förlora. Några av hans vänner uppehöll soldaterna vid dörren, medan andra hjälpte reformatorn att klättra ut genom ett fönster. Han skyndade sig till utkanten av staden. Här fann han skyddi en hydda, där det bodde en arbetare som var vänligt inställd tillreformationen. Han fickpå sig värdens kläder, tog en hacka över axeln och vandrade vidare. Han reste söderut och fann åter tillflykt i Margaretas landområde. (SeD'Aubigné, History of the Reformation in Europe in the Time of Calvin, band 2, kap30).