Långt innan den förföljelse började som plakaten hade gett anledning till, hade den tappre och ivrige Farel blivit tvingad att lämna sitt fosterland. Han reste till Schweiz, där han byggde vidare på Zwinglis arbete att göra folket vänligt inställt tillreformationen. Han tillbringade sina senare år här men fortsatte att utöva ett stort inflytande på reformationen i Frankrike. Under de första åren av sin landsflykt arbetade han framför allt för att utbreda evangeliet i sitt fosterland. Han använde en stor del av sin tid till att predika bland sina landsmän som bodde i närheten av gränsen. Här följde han kampen med outtröttlig vaksamhet och hjälpte till med sina uppmuntrande ord och goda råd. Andra av de landsförvista hjälpte honom att översätta de tyska reformatorernas skrifter till franska. Dessa skrifter blev tillsammans med den franska bibeln tryckta i stora upplagor. Med hjälp av kolportörer såldes dessa skrifter vitt omkring i Frankrike. Kolportörerna fick dem billigt, och förtjänsten gjorde att de kunde fortsätta arbetet.