Önskan om samvetsfrihet gav nybyggarna mod att trotsa farorna på den långa sjöresan, och att hålla ut under alla de motgångar och faror som mötte dem i ett obebott land. Med Guds välsignelse skulle de grundlägga en mäktig nation på Amerikas kuster. Men hur ärliga och gudfruktiga dessa nybyggare än var, förstod de ändå ännu inte religionsfrihetens sanna principer. Den frihet de offrade så mycket för att tillförsäkra sig, var de inte så villiga att tillämpa på andra. ”Väldigt få, även av de frommaste och mest djuptänkande männen på 1600-talet, förstod helt den stora princip som är grunden i Nya testamentets lära, nämligen att Gud är den ende domaren över människors tro.” (Martyn, band 5, sid 297). Läran att Gud skulle ha gett kyrkan rätt att härska över människors samvete, och att avgöra vad som är kätteri och att bestraffa det, är en av de påvliga villfarelser som har de djupaste rötterna. Samtidigt som reformatorerna förkastade den katolska trosläran, kunde de inte helt frigöra sig själva från att drivas av samma intoleranta anda. Det tjocka mörker som påvemakten under sin långa dominans hade insvept hela kristenheten i hade ännu inte helt avlägsnats. En av de ledande förkunnarna i kolonin vid Massachusettsbukten sade: ”Det var fördragsamhet som gjorde att världen blev antikristlig. Det har aldrig skadat kyrkan att den straffat kättare.” (Martyn, band 5, sid 335). Kolonisterna godkände regeln om att inga andra än församlingsmedlemmar skulle ha tillåtelse att delta i den borgerliga statens styrelse. Den bildade ett slags statskyrka. Det ålades varje enskild människa att betala en viss avgift för att underhålla prästerskapet. Myndigheterna hade makt att utrota kätteriet. Den borgerliga makten låg i kyrkans händer. Det dröjde inte länge förrän dessa villfarelser ledde till det oundvikliga resultatet - förföljelse.