Tumult utbröt i Prag. En stor del av befolkningen fördömde Hus och anklagade honom för att vara orsak till alla olyckor. De krävde att han skulle utlämnas till den romerska kyrkan. För att stormen skulle lägga sig drog sig reformatorn tillfälligt tillbaka till sin födelseort. Till sina vänner som blev kvar i Prag skrev han: ”När jag har dragit mig tillbaka ifrån er, är det för att följa Jesu Kristi befallning och exempel. Onda människor skall inte få någon som helst möjlighet till att ådra sig evig fördömelse. Jag skall heller inte bli orsak till förföljelse och svårigheter för de fromma. Jag har också rest bort av fruktan för att ogudaktiga präster under längre tid alltjämt skulle kunna förbjuda förkunnandet av Guds ord bland er. Men jag har inte lämnat er för att förneka den gudomliga sanningen som jag med Guds hjälp är villig att dö för.” (Bonnechose, The Reformers before the Reformation, band 1, sid 87). Hus upphörde inte att arbeta utan reste omkring i trakterna och predikade för intresserade människoskaror. De förhållningsregler som påven tillgrep för att undertrycka evangeliet blev således ett medel till att det förkunnades i vidare kretsar. ”Ty inte mot sanningen förmår vi något, utan för sanningen.” (2 Kor 13:8).