Ytterligare ett bål skulle komma att tändas i Konstanz. Ytterligare en människas blod måste vittna för sanningen. Då Hieronymus sade farväl till Hus vid hans avresa till kyrkorådet förmanade han denne att vara frimodig och fast. Han förklarade samtidigt att han skulle skynda sig att komma Hus till undsättning, om han skulle bli utsatt för någon fara. Då denne trofaste lärjunge fick besked om att reformatorn hade satts i fängelse gjorde han sig ögonblickligen beredd att infria sitt löfte. Utan lejd och med bara en enda följeslagare gav han sig iväg till Konstanz. Då han kom dit förstod han att han bara hade utsatt sig själv för fara utan att ha någon möjlighet att kunna göra någonting för att befria Hus. Han flydde bort från staden, men arresterades på hemresan och fördes tillbaka i kedjor under bevakning av ett kompani soldater. Då han första gången fördes fram inför kyrkomötet och försökte svara på de beskyllningar som riktades mot honom, möttes han av ropet: ”På bålet med honom, på bålet!” (Bonnechose, band 1, sid 234). Han sattes nu i en fängelsecell och kedjades fast i en sådan ställning att han måste utstå svåra lidanden och han fick bara vatten och bröd. Efter några månaders väldigt plågsam fängelsevistelse ådrog sig Hieronymus en sjukdom som hotade att ta hans liv. Hans fiender, som nu blev rädda för att han skulle slippa undan, behandlade honom med större mildhet, men han måste ändå tillbringa ett helt år i fängelset.