Ehuru Gaussen var en af de mest framstående och omtyckta predikanter, som talade det franska språket, blef han likväl efter någon tid afsatt från sitt prestämbete. Den förnämsta beskyllningen man gjorde emot honom var, att han vid ungdomens undervisning hade brukat Bibeln i stället för kyrkans katekes, en tom och rationalistisk handbok, som saknade nästan all undervisning om lefvande tro. Han blef sedan lärare i en teologisk skola och fortsatte om söndagen sin verksamhet med att katekisera barnen och undervisa dem i den Heliga Skrift. Hans arbeten angående profetiorna uppväckte också stort intresse. Genom sin verksamhet som professor, genom pressen och i sin käraste sysselsättning såsom lärare för barnen fortsatte han i många år att utöfva ett vidtomfattande inflytande och blef ett redskap till att rikta många personers uppmärksamhet på forskningen i de profetior, som visade, att Herrens återkomst var nära.