En stor oro herskade i Prag. Många anklagade Huss för att vara orsaken till alla dessa olyckor och fordrade, att han skulle öfverlemnas lit Roms hämd. För att stilla stormen drog reformatorn sig undan för en tid till sin födelseby. Han skref till sina vänner i Prag "Om jag har lemnat eder, har detta skett för att följa Jesu Kristi befallning och exempel, för att icke gifva dem, som äro bittra i sinnet, anledning till att bringa evig fördömelse öfver sig sjelfva, och för att icke utsätta de fromme för i:dande och förföljelse. Jag har äfven lemnat eder af fruktan för, att de gudlösa presterna skulle framhärda en längre tid uti att förbjuda Guds ords predikan bland eder; men jag har icke lemnat eder för att förneka den gudomliga sanningen; ty med Guds hjälp är jag villig till att dö för den. Huss upphörde icke med sin verksamhet, utan reste omkring pli landet och predikade för stora skaror, som lyssnade med stort intresse. Sålunda föranledde de åtgärder, som påfven gjorde bruk af för att undertrycka evangelium, att det blef mera vidsträckt utbredt, i öfverensstämmelse med Pauli ord: "Vi förmå icke något mot sanningen, utan för sanningen."