Efter några månaders förlopp blef Hieronymus sjuk på grund af den grymma behandlingen i fängelset, och hans fiender, som fruktade för, att döden skulle göra slut på hans lidanden, behandlade honom mindre strängt, fastän han hölls qvar i fängelset för ett år. Huss' död hade icke frambragt en sådan verkan, som papisterna hade väntat. Åsidosättandet af Huss' lejdebref hade väckt en häftig förbittring, och kyrkomötet beslöt att välja ett mindre farligt förfaringssätt att om möjligt tvinga Hieronymus till att återkalla sina lärosatser i stället för att bränna honom. Han instäldes för församlingen, och man erbjöd honom valet emellan att återkalla eller dö på bålet. I begynnelsen af hans fängelsetid skulle döden hafva varit ett barmhertigt straff i jämförelse med de färfärliga lidanden, han fått utstå; men nu, då han var försvagad af sjukdom, som hans stränga fångenskap fört öfver honom, samt plågad af ängslan och ovisshet, afskuren från sina vänners understöd och nedslagen i följd af Huss' död; svek hans själsstyrka honom, och han samtyckte till att underkasta sig kyrkomötet. Han lofvade att vara den katolska läran tillgifven samt gillade kyrkomötets förkastande af Wycliffes och Huss' lärosatser, med undantag af de "heliga sanningar," som de hade lärt.