Det var likväl icke utan en förskräcklig inte strid, som Luther beslöt att slutligen skilja sig från kyrkan. Ungefär vid denna tid skref han: "Jag känner mer och mer hvarje dag huru svårt det är att skilja sig vid de samvetsbetänkligheter, som man har insupit i barndomen. Ack, huru svårt det syntes för mig, fastän jag hade Skriften på min sida, att anse mig vara berättigad till att ensam motsätta mig påfven och framhålla honom såsom antikrist! Hvilka plågsamma känslor hafva rört sig i mitt hjärta! Huru många gånger jag vemodigt har stält till mig sjelf den fråga, som så ofta var på papisternas läppar: 'Är du allena vis? Kunna alla andra vara misstagna? Hur skall det blifva om det visar sig, att du sjelf har orätt och i dina villfarelser inbegriper så mångå själar, hvilka skola blifva evigt fördömda?' På detta sätt kämpade jag med mig sjelf och med satan, till dess Kristus genom sitt ofelbara ord stärkte mitt hjärta emot dessa tvifvel."