Överallt där kyrkan har fått världslig makt, har den använts till att straffa dem som avvikit från dess lärosatser. Protestantiska kyrkosamfund, som har följt i den romerska kyrkans fotspår genom att alliera sig med världsliga makter, har visat samma benägenhet att inskränka samvetsfriheten. Den engelska kyrkans långvariga förföljelse av de frikyrkliga är ett exempel på detta. Under 1500- och 1600-talet blev tusentals frikyrkopredikanter tvingade att lämna sina församlingar och många, både präster och lekmän, dömdes till böter, tortyr och martyrdöd.