Den bild av den nya födelsen som Jesus hade använt var inte helt obekant för Nikodemus. Omvändelse från de främmande religionerna till Israels tro jämfördes ofta med ett barns födelse. Därför måste han ha trott att Jesu ord inte skulle tas bokstavligt. Men han ansåg sig vara självskriven till en plats i Guds rike på grund av sin israelitiska börd. Han var inte medveten om att han behövde genomgå någon förändring. Detta var orsaken till hans förvåning över Frälsarens ord. Han blev irriterad över deras direkta tillämpning på honom själv. Fariséens stolthet kämpade med den uppriktige sökarens längtan efter att finna sanningen. Han undrade över att Jesus kunde tala till honom som han gjorde och inte visa större respekt för hans ställning som rådsherre i Israel. Överraskad trots sin självbehärskning svarade han Jesus med ord som var fulla av ironi: "Huru kan en människa födas, när hon är gammal?" – Joh. 3:4. Liksom så många andra gör, när uppenbara sanningar når fram till samvetet, visade han att den naturliga människan inte fattar de ting som hör Guds Ande till. Hos en sådan människa finns det inte någonting som svarar på andliga stimulanser, eftersom andliga ting måste förstås på ett andligt sätt.