Da Hieronymus første gang ble innkalt til kirkemøtet og forsøkte å svare på anklagene, ble han møtt med ropet: «På bålet med ham!» – Bonnechose, vol. 1, s. 234. Han ble fengslet og lenket på en slik måte at det medførte store lidelser, og han fikk bare brød og vann. Etter noen måneders grusomme påkjenninger i fengselet ble han dødssyk. Fiendene som var redde for at han skulle dø, behandlet ham da mer humant, men lot ham likevel sitte et helt år i fengsel.